Sarı-lacivertliler, 2002-03, 2006-07, 2010-11, 2012-13, 2013-14, 2015-16, 2016-17, 2018-19, 2022-23 ve 2024-25 sezonlarında ise elemeleri geçemedi. İstanbul temsilcisi, 2011-12 sezonunda ise UEFA Şampiyonlar Ligi'ne direkt katılma hakkını elde etmesine rağmen "şike soruşturması" sebebiyle Avrupa'ya gönderilmedi.
UEFA Şampiyonlar Ligi organizasyonunda 2007-08 sezonunda çeyrek final oynadı. UEFA Avrupa Ligi'nde 2012-13 sezonunda yarı finale kadar çıkmayı başarmıştır. Fenerbahçe, son olarak 2024-25 UEFA Avrupa Ligi'nde son 16 turuna yükselmiş ve seri penaltı vuruşları sonucu Rangers'a elenmiştir.
UEFA'dan alınan iki yıllık Avrupa Kupalarından men cezası nedeniyle Şampiyonlar Ligi'ne katılamamıştır.
Fenerbahçe, Süper Lig'de şampiyon olduğu 2 sezonun ardından Şampiyonlar Ligi'ne UEFA kararıyla katılım sağlayamadı. Süper Lig'de 2010-2011 sezonunu şampiyon tamamlayan sarı-lacivertliler, UEFA Şampiyonlar Ligi'ne direkt katılma hakkını elde etmesine rağmen "şike soruşturması" sebebiyle Avrupa'ya gönderilmedi.
Sezon başında Bursa Valiliği'nin daveti üzerine 21 Eylül 1958'de Bursa'da oynanan (aynı zamanda hasılat amaçlı) karşılaşmada Acar İdman Yurdu'nu 8-0 yenen Fenerbahçe Bursa Yangını Felaketzedelerine Yardım Kupasını, 2-3 Mayıs 1959'da Ankara Valiliği'nin davetine icabetle katıldığı dörtlü turnuvanın finalinde Beşiktaş'ı ...
Türkiye'de futbol kulüpleri dünyadaki standart kullanımdan farklı olarak ligdeki 10 şampiyonluğa değil, ligdeki 5 şampiyonluğa bir yıldız eklerler. Galatasaray 25 şampiyonluğu temsil eden 5 yıldız kullanır. Fenerbahçe 19 şampiyonluğu temsil eden, Beşiktaş ise 16 şampiyonluğu temsil eden 3 yıldızı logolarında kullanır.
1980'ler, Türk futbolunun Avrupa'daki varlığını hissettirdiği yıllar oldu. 1988-89 sezonunda Galatasaray, çeyrek finalde Monaco'yu eleyerek yarı finale yükseldi. Bu başarı hâlâ Türk futbolunun Şampiyonlar Ligi'ndeki en büyük derecesi olarak kayıtlara geçti.
UEFA, Fenerbahçe'nin yerine sezonu 2. bitiren Trabzonspor'u 2011-12 UEFA Şampiyonlar Ligi'ne dâhil etmiştir.
Fenerbahçe'nin, 1959 öncesi kazanılan dokuz şampiyonluğun tescili talebiyle 06.03.2021 tarihinde TFF'ye yapılan ve toplam şampiyonluk sayısının 28'e, armadaki yıldız sayısının 5'e çıkarılması ve yayın gelirlerinin buna göre düzenlenmesi amaçlayan başvuruda hukuki süreç devam ediyor.
Türkiye Birinci Futbol Ligi'nde rakip sahada en uzun süre yenilmeyen takım, 1997-98 sezonu 19. haftadan 1999-00 sezonu 33. haftaya kadar 40 maç ile Galatasaray'dır.